Den relative molekylære masse af kollagen er stor. Der er 3 svømmebånd i elektroforesebilledet. De 2 svømmebånd, der vises tæt på 100kD, er henholdsvis 1-kæden og 2-kæden af kollagenmolekylet. Det 1 svømmebånd, der vises nær 200kD, er kæden af kollagenmolekylet. Det vil sige, at den relative molekylmasse af hver polypeptidkæde af kollagen kan nå 100 kD, og den relative molekylmasse af et kollagenmolekyle er 300 kD. Bestemmelsesmetoderne for polypeptidmolekylvægt er almindeligt anvendte SDS-PAGE, gelkromatografi og massespektrometri. Nogle mennesker bruger gelfiltreringskromatografi til at bestemme molekylvægtsfordelingen af kollagenhydrolysat i afkromatiserede læderrester ved omkring 16,1 kD. Molekylvægtfordelingen af skrubbehudskollagenoligopeptider bestemt ved flyvetids-massespektrometri hovedsageligt koncentreret i 0.6-1.8kD. Molekylvægten af kollagenpolypeptidet hydrolyseret af dyreprotease er 2-7kD, hvilket er bredere end collagenpolypeptidet hydrolyseret af planteprotease.
